Muchos de los nombres de los municipios y poblados de Guatemala constan de dos partes: el nombre del santo católico que se venera el día en que fueron fundados y una descripción con raíz náhuatl; esto se debe a que las tropas que invadieron la región en la década de 1520 al mando de Pedro de Alvarado estaban compuestas por soldados españoles y por indígenas tlaxcaltecas y cholultecas.²​ En el caso de Santa Catarina Mita, recibió su nombre por Santa Catalina de Alejandría y, de acuerdo a Antonio Peñafiel, el topónimo «Mita» proviene del vocablo náhuatl «Mictlán»; este vocablo se forma de las raíces «mic-» (español: «muerte») y «-tlan» (español: «abundancia»), por lo que significaría «Lugar de la muerte», o «Donde hay huesos humanos».³​